Mass Search 提供两类面向大数据的检索：Precursor Search 与 MS/MS Search。 在 Precursor Search 中，以化合物电离峰的质荷比（m/z）为主要检索内容，同时需设置 Tolerance 与单位，并指定离子电荷，然后点击 Search。m/z 与其他条件的组合可实现多条件下的精确查询。 例如输入“609.296”（框 1），Tolerance 设为“30 ppm”（框 2），Charge 设为“Positive”（框 3），Adducts 设为“M+H,M+Na”（框 4），即可获得匹配化合物的信息以及匹配得分（框 5）。

在 MS/MS Search 中可选择四种数据类型：M/Z、M/Z & Intensity、Precursor & M/Z 与 Precursor & M/Z & Intensity。需设置 Tolerance 与单位，并在 M/Z Array 字段输入碎片 m/z。 例如 Data Type 选“M/Z”（框 1）、Tolerance 设为“30 ppm”（框 2）、在 M/Z Array 输入“173.059, 205.086, 217.086”（框 3），即可获得匹配化合物及匹配得分等信息（框 4）。

检索结果中也可能出现来自私有谱库的命中：这类记录在 Source 列显示 Private，解锁前信息始终隐藏，解锁需消耗积分，详见“私有图谱”。