mzXML Format File:

目前 MS2 批量检索仅支持 mzXML 格式文件，这里是一个示例。 Thermo RAW 文件可用 RawConverter 转换为 mzXML。 其他 MS2 质谱文件可用软件 pwiz-setup-3.0 转换为 mzXML。

Single Work Pipelines:

进入 Batch Search 后，可在功能界面选择两种流程：Single Work 与 Group Work。选择 Single Work 时，以单样本模式进行原始数据注释，如下图所示。

上传样本（mzXML 格式）后，点击 Run Query 执行上传与匹配。若文件此前已上传，界面如下图所示。样本列表显示样本类型、文件名、文件大小、RT 范围、极性、扫描数、上传状态、解析状态与匹配状态等。

点击解析状态中的小图标，可查看色谱图的详细结果，如图所示。

点击操作栏中的 match 按钮，将样本与数据库比对得到注释结果；点击 show hits 查看结果，如图所示。检索结果包含 Query peak、匹配化合物信息、匹配谱图信息与匹配峰信息等。

点击结果中相应字段的链接，可进入详细界面或查看对应内容的放大图，例如 Peak ID、MS/MS ID 与 Match Peaks，如图所示。

点击对应的化合物 ID 将跳转到该化合物在 NCBI 的详细信息页。

Group Work Pipelines:

选择 Group Work 时，需至少选择两个样本文件，然后点击上传按钮将原始数据上传到节点。

与 Single Work 类似，样本详情显示在样本列表中，上传与解析进度会实时更新。

全部样本上传完成后，可点击 Run Adjust 按钮选择参考样本，完成用于保留时间校正的 Group Alignment，如图所示。

点击下图圈出的按钮，可查看当前这批样本的色谱图。

点击下图圈出的按钮，可查看基于这批样本的检索结果。

最后点击 Run Query 开始匹配，进度显示在下方的表格中。

匹配完成后，点击下图按钮可查看 Query Peak、Match Spectrum Info、Compound Info 与 Sample Intensity。与 Single Work 相同，也可点击详细结果中的链接查看相应内容的详细信息。