FlavFinder 判断一张 MS/MS 谱是否来自黄酮类化合物;正离子与负离子模式分别建模。

输入与输出

  • 输入:一张 MS/MS 谱的峰 m/z 与强度。
  • 输出:黄酮 / 非黄酮判定;按分数越过的阈值给出低、中、高三档置信度。

原理

  • 同一张谱的两种表示:① 在 m/z 10–500 区间按 0.10 宽度分箱(4,900 维),按谱内最大强度归一化;② 5 ppm 容差的 m/z 词表,得到归一化的 token 权重向量。
  • 两种表示送入二分类器。参考后端为 AutoGluon TabularPredictor(指标 roc_auc);本地运行另提供 LightGBM 与 scikit-learn 后端。
  • 阈值在验证集上取两个点:ROC 曲线的 Youden 点,以及最接近 1% 假阳性率的点。
  • 正样本标签由十条按优先级排序的 SMARTS 骨架规则判定:黄酮醇、黄酮、二氢黄酮醇、二氢黄酮、黄烷-3-醇、异黄酮、查尔酮、二氢查尔酮、橙酮、花青素。

训练数据

24,928 / 8,229
正离子训练 / 测试谱
11,804 / 3,886
负离子训练 / 测试谱
8.7% / 10.2%
黄酮阳性比例(正 / 负)

性能

AUROC · positive
0.932
AUPRC · positive
0.662
AUROC · negative
0.939
AUPRC · negative
0.738

分组划分(近重复谱只落在同一侧)下的结果。随机划分时为 0.9507 / 0.7927(正)与 0.9267 / 0.7050(负)。44–47% 的测试谱在训练集中存在余弦相似度 ≥0.95 的近邻,因此分组划分的数字更接近真实表现。

使用位置

  • 网页平台:AI Tools 模块。
  • 代码与流程:flavfinder-core(MIT 许可)。